Der Protagonist im Spiel zu Prison Break ist der Company-Agent Tom Paxton. Er wird in das Gefängnis Fox River State Penitentiary geschickt, um herauszufinden, warum der bislang nicht vorbestrafte Michael Scofield (die Hauptfigur der TV-Serie) eine Bank überfallen hat. Die Handlung spielt dabei parallel zur ersten Staffel von Prison Break: Paxton begegnet zahlreichen aus der Serie bekannten Figuren und erlebt Schlüsselerlebnisse dieser Season aus seiner Perspektive.
Das Action-Adventure Prison Break besitzt alle Kennzeichen, welche die Popularität der TV-Serie ausmachen: eine mitreißende Geschichte, differenziert dargestellte Charaktere und schnelle Action. Der Hauptcharakter Paxton beherrscht vielfältige Kletter- sowie Schleichmanöver, die ihm das Erkunden der zahlreichen, detailgetreu eingefangenen Locations der Serie ermöglichen.