Firaxis hat sich beim Alien-Design von Akte X und Men in Black inspirieren lassen. Begonnen hat man, laut Lead Designer Jake Solomon mit einem klassischen "grauen" Template, um dann von dort weiterzugehen.

"Die ersten UFOs sind Diskus-förmig, weil wir genauso starten wollten, wie das Original-Spiel, das von einem sehr billigen Gespühr für UFO-Mythologie kam. Akte X war sehr populär, wie das erste Spiel entwickelt wurde," meinte er.

"Einer dieser neuen Aliens, die wir gezeigt haben ist dieser große, schlanke Mann in einem Anzug. Er ist sehr bizarr - sehr flexibel, er kann wirklich hoch springen - es ist unheimlich die menschliche Form so erweitert und verdreht zu sehen. Das kam von derselben UFO Mythologie - wir haben uns Men in Black angesehen, den Infiltrator im schwarzen Anzug. Es ist nicht notwendigerweise billig, oder billig auf eine schlechte Art, aber der Spieler hat bereits eine Hintergrundgeschichte über Aliens in seinem Kopf und daraus wollten wir unsere Vorteile ziehen."

Ursprünglich waren auch die sektoiden Gegner um einiges menschlicher, was aber auf Bitten von Civilization-Designer Sid Meier abgeändert wurde.

"Unsere erste Version der Sektoiden war viel aufgerichteter - derzeit sind sie  mehr wilder und animalisch und klingen wie ein Vogel. Vorher haben sie mehr wie ein Kind, mit viel zu hoher Stimme, ausgesehen," so Solomon. "Sid hat das Spiel gespielt - das ist eine wahre Geschichte - und er meinte einfach 'Ihr müsst das ändern. Das fühlt sich an, als würdet ihr unschuldige Kinder erschießen.'"

Im Multiplayer-Modus habt ihr die Möglichkeit in die Haut der Aliens zu schlüpfen.